A történet a 21. század elején játszódik. Japán
kutatók olyan magas szintre fejlesztették a biotechnikát és a
robotmechanikát, hogy ezzel képesek meghosszabbítani az emberek
életkorát is. Ez rögtön magára vonja az ENSZ figyelmét, és szankciókat
kívánnak bevetni Japán ellen. Az ország válaszul kilép a szervezetből,
és egy ultramágneses pajzs révén elzárja magát a világtól. 10 évvel
később, 2077-ben az amerikaiak egy speciális egysége, a SWORD titkos
misszióra indul. Behatolnak Japánba és megpróbálják kideríteni, milyen
szuperfegyvert fejlesztenek a szigetországban. A SWORD küldetését két
parancsnok irányítja. Az egyikük egy nő: VEXILLE, a másik LEON, a
barátja. Megdöbbentő titkokra bukkannak.