Mi történne, ha a prófécia igaznak bizonyulna? Mi
lenne, ha holnap véget érne a harc? Thomas "Neo" Anderson (Keanu Reeves)
úgy dönt, szembenéz a kérdéssel, amelyet Morpheus (Laurence Fishburne)
és Trinity (Carrie-Anne Moss) sugallt neki. Elindul, hogy felkutassa és
megismerje az igazságot, és értelmét kiszabadítsa a Mátrix rabságából. A
trilógia második epizódjában Neo elhatározza, hogy a benne rejlő erőket
még jobban uralma alá hajtja. A gépek hadserege támadást indít Zion
városa ellen. Órák kérdése csupán, hogy a Föld utolsó ember uralta
területét is elfoglalják az emberiség elpusztítására beprogramozott
gépek. Morpheusnak azonban sikerül felráznia Zion polgárait, és
meggyőznie őket arról, hogy be fog teljesülni a jóslat, és a
Kiválasztott véget fog vetni a gépekkel vívott háborúnak. Szerelmükkel
és egymásba vetett hitükkel felvértezve Neo és Trinity úgy döntenek,
visszatérnek a Mátrixba, hogy különleges képességeiket és fegyvereiket
latba vetve szembeszálljanak a zsarnoksággal. Csakhogy a Mátrixban
hatalmas erők szegülnek ellenük.