Yamato, Naruto, Sakura és Sai épp egy küldetésen vesznek részt, hogy
elfogják a szökött ninját, Mukadét. Mukade célja, hogy visszautazzon az
időben és átvegye a hatalmat az Öt Nagy Shinobi Nemzet felett.
Narutóék a sivatag közepéhez érnek, Rouran város romjaihoz, ahol egy
véletlen folytán Naruto visszakerül a múltba, húsz évvel ezelőttre...
itt kezdődik a történet. :)
Naruto találkozik Minatóval, - aki mint tudjuk, Naruto apja és később a
Negyedik Hokage - , illetve a többi ismerős konohai lakossal, akik
fiatalabb formában jelennek meg.