Zion katonái, bátor önkéntesekkel az oldalukon
kétségbeesetten harcolnak, hogy visszaverjék a gyilkos őrszemek
támadását, amikor a géphadsereg fúrásai már-már a rejtekhelyük közelébe
érnek. Nem csak saját életükért, de magáért az emberiség jövőjéért is
küzdenek. Smith ügynök (Hugo Weaving), az immár öntudatra ébredt program
kikerült a gépek ellenőrzése alól, és az a célja, hogy elpusztítsa a
gépek birodalmát a való világgal és a Mátrix-szal együtt. Az Orákulum
(Gloria Foster) végleges útmutatást ad Neónak (Keanu Reeves), de ő
fenntartásokkal fogadja a szavait, mert attól tart, hogy a nőt is csak
egy program irányítja. Niobe (Jada Pinkett Smith) segítségével Neo és
Trinity (Carrie-Anne Moss) messzebbre merészkednek, mint eddig bármelyik
ember. A gépek városának szívébe indulnak, ahol Neo szemtől szembe
kerül a gépek legfőbb vezérével.